Võõra võimu alt vabanes Eesti ligi 50 aastat pärast annekteerimist, 20. augustil 1991 kuulutas Ülemnõukogu Eesti taasiseseisvumisest aktiga “Eesti riiklikust iseseisvusest”. Sellele aktile järgnes Eesti kui suveräänse riigi rahvusvaheline tunnustamine. Uus Põhiseadus võeti vastu rahvahääletusel 28. juunil 1992. Peale Põhiseaduse kehtestamist hakati välja töötama ja uuesti rakendama päris oma seadusi.
1. novembril 1993 jõustus Eesti Vabariigi notariaadiseadus, mis muutis kehtinud riikliku notariaadi ladina notariaadiks, mille kohaselt notar on vabakutseline riigiametnik. Algas notariaadireform. Eesti notariaat lülitus Euroopa notariaadisüsteemi, jätkates ühtlasi ka Eesti Vabariigis kuni 1940. aastani kehtinud traditsioone. Endisest riiklikust sai vaba notariaat, milles notar on vaba riigiametniku staatuses. Muudatus oli tingitud sellest, et riik ei suutnud pakkuda notariaalteenuseid vajalikus mahus ja kvaliteediga ning ei tahtnud võtta enda kanda sellega seotud organiseerimistööd ja kulusid. Notariaaltoimingute arvu kasvu põhjustas Eesti suund turumajandusele ja lähenemine Lääne-Euroopa ja Põhjamaade tsiviilõigussuhetele.
Lisaks notariaadiseadusele reguleerivad notarite ameti pidamist distsiplinaarvastutuse seadus, notari tasu seadus, tõestamisseadus, Notarite Koja põhikiri, notariaadimäärustik, pärimisseadusest tulenevate notariaaltoimingute tegemise kord.
Jõustunud notariaadiseadus võimaldas olemasolevatel riiklikel notaritel esitada avaldused eranotaritena töötamiseks. Selle tulemusena nimetas justiitsminister 1993. aastal ametisse 46 notarit.
Vastavalt notariaadiseadusele moodustati Notarite Koda, kuhu kuuluvad kõik ametisse nimetatud notarid. Notarite Koja ülesandeks on notarite kutsehuvide esindamine ja kaitsmine, notariaaltoimingute praktika ühtlustamine ja notarite ametialase tegevuse koordineerimine, täienduskoolituse ja kandidaaditeenistuse korraldamine, samuti meetmete rakendamine notarite poolt oma ülesannete kohusetruuks täitmiseks, osavõtt järelevalve teostamisest ning notarite kutse-eetika nõuete järgimise kontrollimine.
Notarite Koja kõrgeimaks organiks on üldkoosolek, mis toimub korraliselt vähemalt üks kord aastas. Koosoleku pädevusesse kuulub Notarite Koja põhikirja vastuvõtmine, eestseisuse, revisjonikomisjoni ning aukohtu valimine, aastaeelarve kinnitamine, notaritele ametipidamiseks siduvate juhendite andmine. Samuti kehtestab koja üldkoosolek notarite poolt tehtavate kohustuslike maksete suuruse ning otsustab notarikandidaatide tasustamise küsimused.
Alaliselt tegutsevaks juhtimisorganiks on Notarite Koja seitsmeliikmeline eestseisus, kes valitakse kolmeks aastaks. Esimene eestseisus valiti 1. novembril 1993. Eestseisus käib koos vähemalt kord kuus ja otsustab kõiki küsimusi, mis pole antud üldkoosoleku ainupädevusse. Notarite Koja igapäevatööd korraldab tegevaparaat. Koja juures on tegevad ja täidavad koja poolt antud ülesandeid ka notarikandidaadid, kes ei viibi parajasti väljaõppel notari juhendamisel.
28. mail 1995 võeti Eesti Vabariigi Notarite Koda Ladina Notariaadi Rahvusvahelise Liidu (UINL) liikmeks. Tänu sellele on Eesti notaritel olnud võimalik tutvuda teiste maade notariaatidega, vahetada erialaseid kogemusi ja arendada edasi notariaadialast tööd oma kodumaal.
Notariaadireform toimus edukalt ja valitud ladina notariaadi mudel on Eesti olusid arvestades end õigustanud.
III Teine iseseisvuse periood - Eesti Vabariik alates 1991
