Notarite Koja kõrgeim organ on Notarite Koja üldkoosolek. Täitev-korraldav organ on Notarite Koja eestseisus, kes valitakse koosoleku poolt kolmeks aastaks 7-liikmelisena.
Praegune eestseisus:
Esimees: Tallinna notar Merle Saar-Johanson
Aseesimees: Tallinna notar Erki Põdra
Liikmed:
Tallinna notar Tea Türnpuu
Paide notar Eve Põtter
Tartu notar Andres Ott
Valga notar Katri Kutsar
Jõhvi notar Andrei Lõssenko
Notarite Koja eestseisus tagab Notarite Koja põhikirja täitmise ning Notarite Koja koosolekute otsuse elluviimise.
Notarite Koja eestseisuse istungid toimuvad vähemalt üks kord kuus.
Igapäevaselt töötab Notarite Kojas 5 töötajat: tegevdirektor, jurist, rahapesu tõkestamise ja notarite järelevalve ekspert, referent ja sekretär, kelle ülesandeks on peamiselt koosolekute, eestseisuse istungite jmt ürituste ettevalmistamine ja korraldamine, arvamuste, kirjade ja ettepanekute vormistamine, rahvusvaheliste suhete ja välislähetuste korraldamine, suhtlemine Justiitsministeeriumi ja teiste ametiasutustega jms.
